Вы можете задать основную версию страниц сайта с www или без www в файле .htaccess. Как вариант, Вы можете задать приоритетный домен в инструментах для веб-мастеров Google.
Использование или неиспользование "www" в доменном имени чаще всего не влияет на то, как открывается Ваш сайт в браузере. Поэтому другие могут ссылаться на Ваш сайт, указывая тот или иной вариант Вашего веб-адреса. Таким образом важно убедиться, что в индекс поисковиков попал лишь один вариант доменного имени сайта.
Хотя индексирование обоих вариантов домена не влечёт за собой пеналти, лучше обозначить один вариант как приоритетный - главным образом для того, чтобы общий вес Ваших ссылок передавался одному варианту домена (либо с www, либо без www).