Убедитесь, что на страницах Вашего сайта нет дублирующегося кода rel="canonical".
В случае многократного повторения rel="canonical", скорее всего, Google проигнорирует все теги rel="canonical" на странице, так что Ваша попытка избежать таким образом дупликации контента будет бесполезной.
Использование двойного тега rel=canonical на странице связано часто с использованием различных SEO-плагинов, которые по умолчанию добавляют ссылку rel=canonical без ведома веб-разработчика. Проверка кода страницы и настройки rel="canonical" в HTTP ответе сервера может помочь исправить ситуацию.